據介紹，該遺址位於海南本島與西沙群島北礁之間約1500公尺深的南海海底。一號沉船遺址由核心區、環形散落區及條狀散落區組成，年代為明正德年間。核心區為船體和大量堆疊有序、碼放整齊的陶瓷器、鐵器等構成的堆積，長約37米，寬約11米。水下大量瓷器二號沉船遺址位於一號沉船遺址東北方約12海浬處，由核心區及散落區組成，年代為明弘治年間。核心區為大量碼放整齊的原木堆積，長約21米，最寬約8米。據報道，一號沉船遺址有多個隔艙的船貨堆積，包括陶器、瓷器、銅器、鐵器、竹木器等，數量超過十萬件。其中，二處沉船遺址保存較好，文物數量龐大，年代較明確。不僅是我國深海考古的重大發現，也是世界級重大考古發現。一號沉船滿載外銷的陶瓷器，二號沉船則裝載了從海外輸入的木材，是我國首次在同一海域發現出航和回航的古代商船。