COVID-19檢測或能幫助追踪新冠病毒變體
據外媒報導,美國的衛生官員或許可以利用COVID-19檢測來監測一種更具傳染性的新冠病毒的傳播。本週,美國首次發現了這種病毒。這種變體正在英國廣泛傳播,目前已經在包括美國在內的十幾個國家被發現。
專家認為新冠病毒變體並不比其他病毒更致命,而且已經開發的疫苗應該仍可以抵禦這種新毒株。但這種變種似乎更容易傳播,而不受控制的疫情將會更快地讓醫院不堪重負。
截止到蒙圈,美國已經在COVID-19患者中發現兩例感染了新變種病毒的病例,一例在科羅拉多州,一例在加利福尼亞州。科羅拉多州的衛生官員稱,這名患者並沒有出國旅行,這表明這種病毒在此之前可能已經在美國流行,並且可能已經在美國有了立足點。跟英國不同的是,美國很少對COVID-19患者的病毒樣本進行分析以檢查其突變和變異,這就是為什麼到目前為止它可能沒有被發現。
在缺乏廣泛病毒分析的情況下,官員們可能可以通過標準的COVID-19檢測追踪這種被叫做B.1.1.7的病毒變種。倫敦法蘭西斯克里克研究院(Francis Crick Institute)的遺傳學家Theo Sanderson指出,這一發現是偶然獲得的,並非他們有意為之。
基於基因的COVID-19檢測最典型的方式就是從患者的唾液和粘液拭子中尋找新冠病毒遺傳物質的證據。病毒有很長的基因組,測試並不是要尋找到全部的證據,相反,通常只需要知道兩個或三個區域即可。
在一些COVID-19測試中,其中一個片段位於新冠病毒的S基因上–該基因為病毒的刺突蛋白編碼,這種蛋白可以讓病毒跟細胞結合。這也是新變體中的一個突變發生的基因。如果一名患者感染了一種具有特定突變的病毒,那麼基於該基因的非突變形式設計的測試將無法看到變體的版本。因為測試仍可以看到病毒的其他部分,所以它仍會返回陽性–只是沒有S基因。研究人員將這種現象稱之為S基因缺失。
在英國,專家們已經能將S基因缺失作為一種非官方的測量方法來衡量在英國不同地區傳播的新冠病毒變種的數量。“這非常有用,”Sanderson說道。
當然,這並不是一個完美的度量標準:S基因突變也出現在其他不具有B.1.1.7特徵的變體中。不過英國的研究人員已經設法理清數據併計算出有多少缺失來自新變種。隨著B.1.1.7變體感染率的增加,S基因缺失的發生率也與之密切相關。
現在,美國的一些實驗室也開始採用這一策略。科羅拉多和加利福尼亞州的病毒變體病例都是在實驗室標記了有S基因缺失的COVID-19檢測結果後發現的。
總部位於加州的基因公司Helix負責COVID-19檢測同時也在分析樣本、尋找S基因缺失的證據。今年10月,Helix研究團隊發現,0.25%的檢測結果顯示S基因缺失,到12月初,這一比例上升到了0.5%左右。根據這些數據,這種變體在美國可能仍非常罕見。
Helix公司聯合創始人兼總裁James Lu表示,公司正在計劃展開其病毒樣本分析工作以此檢測B.1.1.7變體病毒。另外他還表示,如果證明它們之間存在很強的聯繫,那麼Helix將定期跟踪S基因缺失比率。
Sanderson則指出,關鍵是要注意在特定區域S基因缺失數量的急劇增加,“如果你在美國的某些特定地區看到這種情況,那將非常令人擔憂。”
理想情況下,美國將擴大其病毒分析以更密切地跟踪B.1.1.7變體的傳播,另外還要標記任何出現的新變體。