利用推斷祖先的方法科學家揭開了個性化癌症治療的秘密
研究人員已經開發出了從腫瘤DNA和RNA中準確推斷大陸祖先的軟件,這可能有助於早期癌症檢測和個性化治療。由於準確率超過95%,該團隊現在正在研究更多的區域特異性,並針對個人基因組序列完善其軟件。
知道你的祖先來自哪裡可能是改善癌症治療的關鍵嗎?也許吧,但這把鑰匙會在哪裡?我們如何能從癌症的祖先根源追溯到現代的解決方案?對於冷泉港實驗室(CSHL)的研究教授Alexander Krasnitz來說,答案可能深藏在龐大的數據庫和醫院檔案中,其中包含數十萬的腫瘤樣本。
Krasnitz和CSHL博士後研究員Pascal Belleau正在努力揭示癌症和種族或民族之間的譜系關係。他們已經開發了新的軟件,可以從腫瘤的DNA和RNA準確地推斷出大陸的祖先。他們的工作也可能幫助臨床醫生開發早期癌症檢測和個性化治療的新策略。
“為什麼不同種族和民族的人患不同類型的癌症的比例不同?”克拉斯尼茨說。”他們有不同的習慣、生活條件、接觸–所有種類的社會和環境因素。但也可能有遺傳因素。”
克拉斯尼茨的團隊使用混合DNA檔案訓練他們的軟件工具。他們從已知背景的癌症和不相關的無癌基因組中創建了這些檔案。然後他們用已知血統的病人的胰腺癌、卵巢癌、乳腺癌和血癌標本測試了該軟件的性能。該團隊發現該軟件將他們的雜交圖譜與大陸人口相匹配,準確率超過95%。
Krasnitz說:”我們有一個很好的模型來建立,但是很少有個人來自單一的祖先。我們在某種程度上都是混合的。因此,現在我們正在努力深入研究,測試未知祖先的腫瘤樣本,揭示祖先的混合體,並實現更多的區域特異性”。多麼具體?就目前而言,認為西非與東非是相對的。”
Krasnitz和Belleau最近加入了一項與Northwell Health和SUNY Downstate醫療中心合作的結腸直腸癌研究。這項研究使他們能夠探索結腸直腸癌如何根據特定的種族或民族以不同的方式進行基因突變。他們希望進一步完善他們的軟件,不僅推斷整個基因組的祖先,而且推斷其中的每一個個體序列。
“Belleau說:”如果我們能夠識別出更多容易受到不同癌症或其他侵略性疾病影響的局部祖先,它可以幫助我們確定基因組的特定部分,並針對它進行治療。”
現在,一個簡單的DNA拭子可以告訴你你來自哪里以及你會遺傳哪些疾病。在未來,它可能也會給你戰勝它們的手段。