美國一名高中生完成神仙魚基因組測序
據英國《新科學家》周刊網站10月21日報導,加利福尼亞州一名17歲的高中生完成了對淡水神仙魚的基因組測序,這是世界首次。因迪韋爾·馬迪雷迪的一條名為卡爾文的寵物神仙魚今年3月死掉了。此後,他給這條魚進行了基因組測序。
他說:“儘管我的魚死掉了,但我希望永久保存它。所以我決定給這條神仙魚進行基因組測序,希望我可以把這些信息貢獻給科學界,同時也向我的寵物表達一點敬意!”
馬迪雷迪在加利福尼亞州聖克拉拉的一家社區實驗室進行了測序。任何人只要支付一筆小額會員費就可以使用這家實驗室裡的先進設備。
為了保存魚的脫氧核糖核酸(DNA),馬迪雷迪把他的魚放在零下80攝氏度的實驗室環境中。他花了一個月的時間進行準備並學習如何進行測序。
測序在兩個週末完成,使用的是牛津納米孔公司生產的一台小型測序儀。這類測序儀在DNA分子穿過微孔時讀取DNA分子的序列。
牛津納米孔公司測序儀的精確度略低於其他測序方法,但能夠對長度非常大的DNA片段進行測序。這使測序軟件更容易通過把全部片段重新拼接好來合成基因組——就像片數少、每片比較大的拼圖一樣。
馬迪雷迪說,分析數據又用了兩個月的時間,而且需要學習很多知識。他已經把序列數據放到一個公共數據庫裡,並且在10月18日發表了一篇短文描述這項工作。
神仙魚原產亞馬孫盆地,已經成為風靡世界的觀賞魚。神仙魚的基因組沒有什麼特別之處,與親緣關係較近的魚類相似。
馬迪雷迪說,測序花費了大約2000美元,而他通過眾籌籌集了近1000美元。(編譯/卿松竹)