全國青少年科技創新大賽在線展廳中的獲獎作品在社交網絡中引發學術不端的爭議，因為絕大部分小學生中學生的獲獎作品明顯不可能是靠學生自己獨立能完成的。其中引發熱議的一件獲獎作品是昆明小學生陳靈石的作品《C10orf67在結直腸癌發生髮展中的功能與機制研究》，他的作品被認為是其父母或父母的學生幫助完成的。

家長對科創大賽熱衷的一個原因是它的獲獎級別和名次一度與中高考加分相關聯。以往大學自主招生獲得初試資格一般有兩個辦法，一是學科競賽，還有就是科創比賽，後者難度遠遜於前者。2020年1月，教育部發出通知，明確從今年開始自主招生正式取消，通過比賽高考加分自此走入歷史。