京東商城已經下線神舟電腦自營旗艦店，目前在京東商城搜索神舟電腦京東自營旗艦店已經不顯示任何相關內容。2月20日，神舟電腦公開指責京東拖欠神舟超3億貨款，並已於2月18日在北京市第二中級人民法院向京東提起訴訟。當天，京東方面做出回應稱，因神舟違反雙方簽署的產品購銷協議條款，導致其未結算貨款被暫緩支付。

2月21日，神舟電腦發布微博列出了與京東的部分往來信函，披露了與京東之間的糾紛細節，爭議焦點圍繞在2019年的雙11活動上。

神舟電腦稱：京東去年雙11逼迫神舟二選一，不准神舟參加天貓雙11活動，被神舟拒絕。隨後京東未經神舟許可，強行將神舟產品降價銷售，並聲稱京東雙11有百億補貼，無需神舟承擔任何費用。至結算時，京東卻要求神舟支付1559萬元返利，神舟不同意此部分返利，京東就扣下了神舟全部貨款。

神舟電腦還表示，為了逼迫神舟同意支付此部分降價損失，京東對神舟採用了五項措施：產品搜索降權、不讓參加任何活動、缺貨產品不予訂貨、全線產品下架、不予結算貨款。

神舟創新總經理史俞馨接受新浪科技採訪時表示，神舟創新維權走到今日地步，是迫不得已，無可奈何。

有媒體報導，神舟與京東目前仍就雙方的貨款一事在商談，尋求解決方案。