新型冠狀病毒的來源仍然是目前科學家探索的重要方向。2月17日，病毒進化學家美國斯克里普研究院Kristian G. Andersen副教授及被譽為“病毒獵手”的哥倫比亞大學公共衛生學院感染與免疫中心主任W. Ian Lipkin等五人在病毒學論壇Virological共同發表文章稱，根據對冠狀病毒的基因組數據分析，排除了新冠病毒由人為構建或散佈的可能性。

圖片來源：NIAID-RML

1月31日，印度理工學院有學者在BioRxiv預印本平台上發表文章稱，新型冠狀病毒是人類實驗室的產物。該說法後愈演愈烈，甚至有傳聞稱，新冠病毒是從武漢病毒所試驗室所洩漏。此前，武漢病毒研究所石正麗曾在朋友圈回應，其用生命擔保，該病毒與實驗室沒有關係。而上述印度理工學院的作者也公開表示，為避免造成誤解，將撤回稿件。

Kristian G. Andersen等五位科學家從結構性和功能性兩個角度詳細分析了SARS-CoV-2基因組中的兩個疑似人為乾預的特徵，反駁了此前關於新型冠狀病毒的“人工合成”陰謀論，認為SARS-CoV-2病毒是自然進化的產物，而非實驗室製造。

該篇論文表示，同其他冠狀病毒相比，新冠病毒的刺突蛋白（S蛋白）與人體ACE2（血管緊張素轉化酶2）的受體結合能力特別強。冠狀病毒通過S蛋白與宿主的受體結合，從而感染宿主細胞。

可以將S蛋白理解成是它們進入細胞的“鑰匙”，而宿主細胞表面的受體就相當於“鎖”。當”鑰匙“遇到對應的”鎖“時，病毒便可進入細胞。

SARS病毒的S蛋白也是與人體ACE2相互作用結合來感染人的呼吸道上皮細胞的。但是五位學者的文章表示，根據此前的研究，SARS病毒的S蛋白基因序列的L472位置的突變為苯丙氨酸，是可以幫助SARS病毒S蛋白與人體ACE2受體結合的最佳條件。

而新冠病毒的S蛋白基因序列出現苯丙氨酸的位置並非是最佳條件的L472，而是L486，這顯示了該病毒並非來自於此前的最佳預測，可以說明新冠病毒並非是基因工程的產物。

此前陰謀論中常用的一個證據是，在新冠病毒的S蛋白中，存在可疑的酶切位點。南開大學生命科學院副教授高山接受科技日報採訪時解釋道，酶切位點通常被看作是人工基因工程的痕跡，但是病毒的自然進化中，也可以存在酶切位點。

五位科學家在文章中也討論了通過實驗室培養該病毒的可能性。由於新冠病毒S蛋白存在酶切位點，導致酶切位點周圍存在3個O-聚醣結構，而作者表示這一結構通常意味著免疫系統的參與，在體外是不存在的。

2月19日，醫學期刊《柳葉刀》發文，強烈譴責了病毒非自然起源的陰謀論，全球27位病毒學家、流行病學家簽署了該項聲明，並表示將同中國醫療工作者共同抗擊疫情。