解析Science新冠病毒論文:S蛋白電鏡圖首次公佈
今日發表在《科學》上的新研究中,來自美國得克薩斯大學和NIH的研究人員首次利用冷凍電鏡展示了新冠病毒刺突蛋白的分子結構。該研究已於2月16日發表在預印本網站bioRxiv,并快速通過同行審議發表於《科學》期刊。研究共發現和提出了3個關鍵點:
新冠病毒刺突蛋白的冷凍電鏡圖像
再度確認冠狀病毒的刺突蛋白結構是疫苗應對的關鍵區域;
2019-nCoV的刺突蛋白與細胞ACE2受體親和力要高於SARS-CoV;
特異性針對SARS-CoV刺突蛋白受體結合結構域(RBD)的多克隆抗體不能與2019-nCoV結合,兩種病毒的抗體具有限制性。
包括中科院上海巴斯德研究所郝沛團隊等利用基因序列進行建模、石正麗團隊在《自然》發文的細胞水平實驗在內,此前已經有多項研究從不同的角度證實,與SARS-CoV一樣,2019-nCoV同樣是利用刺突蛋白與ACE2受體作用來感染人體細胞。
刺突蛋白(S Protein)根據蛋白結構功能可以被分成兩個功能單位:S1和S2蛋白亞基。S1能夠促進病毒結合到宿主細胞受體的能力,其含有一個重要的C端受體結合結構域(receptor-binding domain,RBD),正是這個位置負責和受體結合。
在之前的計算機模型分析中,新型冠狀病毒和SARS的刺突蛋白同源性較低,兩種病毒刺突蛋白的氨基酸序列相似度只有76.47%。但是兩種病毒RBD結構域的有一些基因區域與SARS有高度的同源性。其中SARS感染的5個關鍵位點中,有1個被新型冠狀病毒保留,其餘4個有氨基酸的替換和變化。
新型冠狀病毒刺突蛋白中與ACE2蛋白結合的5個關鍵氨基酸有4個發生了變化,但其維持了SARS病毒刺突蛋白與ACE2蛋白作用的原結構構象。這說明,新型冠狀病毒仍是通過與SARS相同的受體和機制進行病毒感染和傳播。
而發表於《科學》的新研究指出,新型冠狀病毒利用高度糖基化的同源三聚體刺突蛋白進入宿主細胞。這一病毒融合(fusion)過程中,刺突蛋白會經歷結構變化,包括病毒的S1亞基結合到宿主細胞受體上,讓刺突蛋白的三聚體產生不穩定性,進而造成S1亞基脫落,S2亞基形成高度穩定的融合後(post-fusion)結構。
通過結構分析,研究發現S1亞基中的RBD會經歷鉸鍊式運動,其移動特點與SARS-CoV以及MERS-CoV均非常相似。通過這種運動,刺突蛋白可以暫時隱藏或暴露受體結合的關鍵位點。這兩種狀態被稱為“下”構象和“上”構象,其中,“下”構象對應的是受體不可結合狀態,“上”構象對應受體可結合狀態,受體可結合狀態較為不穩定,因此是疫苗針對的絕佳位點。
基於在SARS-CoV獲取刺突蛋白的相關經驗以及公開的新冠病毒序列,研究者在實驗室細胞中獲取了2019-nCoV的預融合(prefusion)刺突蛋白,並通過純化後利用冷凍電鏡展示了其3.5埃清晰度的高清結構圖。
研究還展示了S1亞基進行鉸鍊式運動時的動態圖,這種運動和SARS-CoV和MERS-CoV等beta-冠狀病毒,甚至和一些種屬更遠的alpha-冠狀病毒非常接近。該發現證明了新冠病毒的感染機制符合其他冠狀病毒的特徵。
分別從頂部和側面觀測的S1亞基運動
另外,研究指出2019-nCoV和蝙蝠冠狀病毒RaTG13在S蛋白序列上有98%的相似性。氨基酸殘基變異出現在了S1/S2亞基連接處,並且29個殘基變異中17個出現在RBD區域。研究根據61個可用的刺突蛋白序列與已有數據庫進行了比較,只發現了9種氨基酸取代物能與2019-nCoV比對得上,但這9中氨基酸取代物都很保守,對於改變新冠病毒刺突蛋白結構和功能,作用非常有限。
由於ACE2是刺突蛋白的結合部分,因此,研究比對了2019-nCoV與SARS-CoV刺突蛋白與ACE2的親和力。結果顯示,2019-nCoV與ACE2的親和力是SARS-CoV的10~20倍。並且作者製造了ACE2的結構與刺突蛋白結合圖,冷凍電鏡下,其結合形式與SARS-CoV高度相似。研究指出,新冠病毒刺突蛋白與ACE2的高親和性,很可能有助於其產生高度人傳人的傳染性。
研究最後測試了目前發表的3種針對SARS-CoV RBD區域的多克隆抗體,不過,儘管兩種病毒有很高的同源性,但是這三種與SARS-CoV RBD區域能緊密結合的多克隆抗體,在新冠病毒中完全沒有結合力。這一結果暗示著,SARS-CoV研究中的抗體或許對2019-nCoV並沒有作用,需要針對新冠病毒的特異性來重新設計新抗體。
不過,在冷凍電鏡圖公佈於世的情況下,就能根據新冠病毒刺突蛋白結構製作“探針”,並從康復者血液中特異性地分離有效抗體製成疫苗。