為了預測下一次疫情一個動物病毒數據庫正在建設中
無論是SARS、MERS、埃博拉,還是本次的新型冠狀病毒,這些病毒都導致了疫情爆發,讓人類措手不及,並帶來了巨大的傷痛。儘管本次疫情尚未過去,但致力於預測下一次大面積爆發疫情的實驗室已在建設中。
自2003 年非典爆發後,科學家們開始給予冠狀病毒越來越多的關注,這種病毒類別眾多,而且能在不同的物種之間傳遞——在公共基因組庫GenBank 上搜索“冠狀病毒”,相關結果超過35000 個,其中有來自羊駝、刺猬、白鯨等物種的冠狀病毒;當然,還有在蝙蝠身上發現的冠狀病毒。
在所有可能的宿主中,蝙蝠受到的關注最大,因為它們已經進化出一種與病毒共存的獨特能力,包括那些特別可能傳染給人類的病毒。SARS 病毒、MERS 病毒、馬爾堡病毒、尼帕病毒,埃博拉病毒,以及本次的新型冠狀病毒都很有可能是由蝙蝠引起的。
Michael Letko 從讀博士時開始就對來自蝙蝠的樣品進行測序,而他收集到的大多數基因組都跟冠狀病毒有關。
2007 年,中國的研究人員採集了來自蝙蝠的血液樣本,並發現了一種叫作“HKU4-Cov”的病毒;五年後,MERS 在沙特阿拉伯爆發,當科學家們對MERS 病毒進行測序時發現,該病毒的蛋白質序列與HKU4-Cov 的幾乎一致。Michael Letko 表示:
如果相關數據在MERS 爆發前就已經有了,那麼科學家們就能及時知道MERS 病毒的傳播方式,以及可能有效的治療方案。
Michael Letko補充道,他想嘗試去提供這樣的數據,並決定建立一個平台,對全世界收集的冠狀病毒基因組進行實驗性測試。他認為,如果人們想弄清楚下一次大面積爆發的疫情將源自於哪裡,冠狀病毒是一個很好的切入點,因為它們無處不在,還可以跨越物種屏障感染人類。如果人們能理解這些病毒的不同之處,就能創造出一個預測引擎來預測哪些病毒最有可能在人群中出現。
新型冠狀病毒的電鏡照片,圖自中國疾控中心
Michael Letko 的想法似乎能夠為人們在疫情防控方面帶來重要的幫助,不過,這個計劃實施起來困難重重。
首先,從野外樣本中分離病毒是很困難的。在實驗室培養的細胞不像野生動物身體中的細胞,它們通常無法從自然界獲取病毒生長所需要的物質。也就是說,科學家們無法讓病毒存活足夠長的時間來進行實驗。其次,從序列對病毒進行逆向工程是昂貴的,加之冠狀病毒是所有RNA 病毒中基因組數量最大的,只做一個就要花費15000 美元。
冠狀病毒之所以如此命名,是因為其表面的突刺蛋白質放大後看起來像皇冠。這些突刺蛋白有助於病毒用來進入宿主細胞的,然後在宿主細胞裡進行複制和傳播。而刺突形狀的細微差異決定了病毒可以感染哪種細胞——這正是Michael Letko 研究的重點。
整個2018 年,Michael Letko 都致力於構建一個合成病毒顆粒系統。通過這個系統,他可以替換掉病毒的RBD(受體結合域),然後通過倉鼠實驗獲知哪些RBD 序列可以訪問受體、進入細胞。2019 年1 月,Michael Letko 開始進一步的實驗,他將能夠進入倉鼠細胞的序列複製粘貼到合成病毒顆粒上,再將其暴露在人類受體細胞中,並進行了感染潛力排序。
除了已知的冠狀病毒,如SARS,Michael Letko 還從中國馬蹄蝠身上採集了未知菌株。不過測試和驗證結果需要時間,當時,他預估幾個月的時間就能夠完善這個系統——到2019 年底,他就能從基因銀行中提取一個序列,並在一周後得到這個序列的病毒的實驗數據,比如是否能感染人類細胞、能感染哪些細胞,以及能在多大程度上滲入細胞。
2019 年12 月,Michael Letko 開始把過去兩年的勞動成果打印出來,並且準備將這些報告提交給一家期刊進行同行評審。隨後,武漢新冠肺炎爆發,這是一種新型冠狀病毒,以前從未在人類身上發現過。
研究人員對新型冠狀病毒進行毒株分離
1 月10 日,中國科學家公佈了這種病毒的基因組。Michael Letko下載了基因組並定位了RBD 序列。通過實驗,他發現,新型冠狀病毒與SARS 病毒十分相似,都是通過受體ACE2 感染人類細胞,而這種受體在肺細胞中普遍存在。輕度病例會出現咳嗽的症狀,嚴重則會引起呼吸困難。
從序列發佈到Michael Letko識別該病毒的攻擊位置所用時間為7天。對此,克里普斯研究所(Scripps Research Institute)傳染病遺傳學家Kristian G. Andersen表示,“這個速度快得令人難以置信。”
Kristian G. Andersen 自己並沒有參與這項研究,不過,他的實驗室可以利用DNA 數據追踪埃博拉病毒、寨卡病毒以及新型冠狀病毒疫情的演變。他補充道,疫情當前,Michael Letko 的努力可能起到非常大的幫助作用。
因為,由於疫苗和新的治療方法距離人體試驗還有幾個月的時間,對抗病毒的希望在很大程度上要寄託於已有的藥物。通過Michael Letko的實驗,科學家們能夠知道病毒是如何與人體細胞結合的,從而能夠想出阻止病毒進入細胞的對策。
儘管本次的疫情暫未平息,不過,Michael Letko 已經在為下一次可能的疫情做準備了——他想收集更多由動物引起的病毒感染信息,並找出哪些病毒能夠感染人類。Michael Letko 說道,“有了這些數據,我們才能預測哪些會成為人類未來的巨大威脅。”
在接下來的幾個月裡,Michael Letko 將在華盛頓州立大學建立自己的實驗室。在那裡,他計劃將項目的研究範圍擴大,不僅研究不同的冠狀病毒,還會研究這些病毒的蛋白質,因為蛋白質是病毒進入細胞、避開人類免疫系統的關鍵。
根據這些實驗的結果,Michael Letko 將建立冠狀病毒特徵描述系統,以及蛋白質相互作用的信息數據庫,科學家可以利用這個數據庫快速標記可能具有大流行潛力的新病毒。
Michael Letko 說道:
為了收集和生成所有這些數據,我們需要花費巨大的人力物力和精力。但這是值得的。