《自然》發表論文解析來自華南海鮮市場的病例
《自然》在線發表了中科院武漢病毒所石正麗團隊和復旦大學張永振團隊的兩篇有關新型冠狀病毒論文,分別分析了最初來自華南海鮮市場病人的樣本數據。
1、
張永振團隊通過海鮮市場的一名病人身上獲得的病毒分析,獲得了病毒基因組,結果顯示,該病毒與此前在中國蝙蝠體內找到的一組SARS樣冠狀病毒密切相關。
論文接收日期為2020年1月7日,論文接受日期為1月28日。
樣本背景
張永振及同事研究樣本取自一名41歲的男性海鮮市場工人,論文展示了武漢疾病與控制中心的流行病學調查結果,市場除了銷售魚類和帶殼類動物,還有各種野生動物,包括刺猬、獾、蛇和鳥類(斑鳩),並且充斥各種動物屍體和動物肉類。但沒有蝙蝠可供出售。患者自述可能接觸過市場上的野生動物,但沒有接觸過活禽。
其於2019年12月26日在武漢一家醫院住院,表現出呼吸系統疾病症狀,包括發燒、胸悶和咳嗽。聯合使用抗生素、抗病毒藥和糖皮質激素進行治療,但患者表現出呼吸衰竭,治療三天后病情無改善。
該例病人發病6天后,左肺可見明顯病灶。
樣本分析
研究對從患者收集的支氣管肺泡灌洗液(肺分泌物)進行了基因組測序。他們在基因數據中鑑定出了一種新型病毒基因組(即新型冠狀病毒2019-nCoV),並發現該病毒基因組與蝙蝠體內發現的SARS樣冠狀病毒SL-CoVZC45有89.1%的核苷酸相似性。
另外,研究將新冠病毒的基因組序列與兩種冠狀病毒基因序列進行了深度比較,包括人源冠狀病毒SARS-CoV和蝙蝠源冠狀病毒SL-CoVZC45。結果顯示,新冠病毒基因序列中有典型的beta冠狀病毒的DNA序列終端結構域,並且與SARS-CoV在多個開放閱讀框(蛋白編碼區域)是高度相似的。
研究對其完整病毒基因組的系統進化分析表明,該病毒與一組SARS樣冠狀病毒(Betacoronavirus屬,Sarbecovirus亞屬)最為相似。論文指出,根據以上數據推測蝙蝠仍然最可能是新冠病毒的天然宿主。但由於海鮮市場中存在大量其他動物,到底這次新冠病毒是不是來自蝙蝠,具體的中間宿主是什麼還需要進一步研究才能得出。
2、
另一篇石正麗團隊的研究對新型冠狀病毒進行了鑑定和表徵,揭示了其與嚴重急性呼吸綜合徵(SARS)冠狀病毒的相似性。這篇分析文章同樣發現了新型冠狀病毒來源於蝙蝠的證據,不過中間宿主來源還需要更多研究。
論文接收時間為2020年1月20日,論文接受時間為1月29日。論文此前於1月23日發表在預印本網站bioRxiv。
樣本背景
石正麗團隊的研究分析了7例重症肺炎患者的樣本,其中6人為武漢海鮮市場內的工人。論文指出,臨床醫生最早根據臨床症狀及體溫升高、淋巴細胞、白細胞減少(有時為正常)、胸片新發肺部浸潤、抗生素治療3天后無明顯改善等標準,將這些患者確定為病毒性肺炎。
論文將導致這種病毒性肺炎的病毒稱作新型冠狀病毒2019-nCoV。當然,在論文接收和發表期間,科學家也相繼對新冠病毒的臨床症狀和病毒傳播途徑也有更多認知。這裡討論的內容都是基於論文獲得樣本和數據的時間。
樣本分析
研究者在其中5名病人身上獲取的病毒全長度基因組序列彼此之間幾乎完全一致(相似度超過99.9%),與SARS冠狀病毒有79.5%的序列一致。此外,研究人員發現,新型冠狀病毒在全基因組水平上與一種蝙蝠冠狀病毒具有96%的同源性,即該病毒序列與一種蝙蝠冠狀病毒在全基因組水平上相似度高達96%,表明蝙蝠可能是該冠狀病毒的來源。
為了分析新冠病毒與SARS-CoV的關係,研究分析了兩種病毒的七個保守的非結構蛋白的成對蛋白序列。結果表明新冠病毒的非結構性蛋白也存在於SARS冠狀病毒中,表明該病毒是一種與SARS相關的冠狀病毒。
電鏡下觀測到的2019-CoV
另外,論文確認了2019-nCoV進入細胞的路徑與SARS冠狀病毒一樣,同樣是通過ACE2細胞受體來完成感染。從感染2019-nCoV的病人體內分離出的抗體具備在低血清稀釋度下中和病毒的潛力。
但是能不能用抗SARS病毒抗體來中和2019-CoV還並不清楚,研究指出,有關這一點需用SARS病毒感染中痊癒的病人的血清抗體來確認。
這項研究指出,病毒最有可能的傳播途徑是通過個體的呼吸道,不過其他途徑也不是沒有可能,仍需更多患者數據來進一步研究傳播途徑。