武漢病毒所與復旦兩篇論文: 新冠病毒SARS高度相似
武漢病毒研究所的石正麗團隊和上海復旦大學公共衛生學院張永振團隊今天都在Nature發表論文，證實新型冠狀病毒來自於蝙蝠，並與SARS具有高度相似性。
來源：知社學術圈
傳染病：分析中國新型冠狀病毒
《自然》在線發表的一篇論文對最近在中國引發呼吸系統疾病爆發的一種新型冠狀病毒進行了鑑定和表徵，揭示了其與嚴重急性呼吸綜合徵（SARS）冠狀病毒的相似性。這篇分析文章發現了新型冠狀病毒來源於蝙蝠的證據，但是此次爆發的動物來源尚待確認。
石正麗及其同事分析了7例重症肺炎患者的樣本，其中6人為武漢海鮮市場內的工人，該海鮮市場在2019年12月已首次發現病例。研究者發現在其中5名病人身上獲取的全長度基因組序列彼此之間幾乎完全一致（相似度超過99.9%），與SARS冠狀病毒有79.5%的序列一致。此外，研究人員發現該病毒序列與一種蝙蝠冠狀病毒在全基因組水平上相似度高達96%，表明蝙蝠可能是該冠狀病毒的來源。
Fig。1 | Genome characterization of 2019-nCoV。a， pie chart showing metagenomics analysis of next-generation sequencing of bronchoalveolar lavage fluid from patient ICU06。b， Genomic organization of 2019-nCoV WIV04。c， Similarity plot based on the full-length genome sequence of 2019-nCoV WIV04。Full-length genome sequences of SARS-CoV BJ01， bat SARSr-CoV WIV1，bat coronavirus RaTG13 and ZC45 were used as reference sequences.d， Phylogenetic tree based on nucleotide sequences of complete genomes ofcoronaviruses。Software used and settings can be found in material and method section。
研究人員發現七個被鑑定和測序出的非結構性蛋白也存在於SARS冠狀病毒中，表明該病毒是一種與SARS相關的冠狀病毒，作者暫時將其命名為新型冠狀病毒2019（2019-nCoV ）。他們確認了2019-nCoV進入細胞的路徑與SARS冠狀病毒一樣，即通過ACE2細胞受體。從感染2019-nCoV的病人體內分理出的抗體顯示出在低血清稀釋度下中和病毒的潛力，但是抗SARS病毒抗體是否能與2019-CoV交叉反應，仍需用從SARS病毒感染中痊癒的病人的血清來確認。
作者開發出了一種可以將2019-nCoV與其他所有人類冠狀病毒區分開的測試，並展示在最初的口腔拭子樣本中檢測到了2019-nCoV，但隨後（大約十天后）採集的樣本沒有顯示陽性病毒結果。這項發現表明，最有可能的病毒傳播途徑是通過個體的呼吸道，不過作者也指出其他途徑亦不無可能，仍需更多患者數據來進一步研究傳播途徑。
支撐該研究發現的測序數據可在GISAID中找到，登記號為EPI_ISL_402124、EPI_ISL_402127-402130以及EPI_ISL_402131。*
論文鏈接：https：//www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7
傳染病：中國新型冠狀病毒的基因組序列
《自然》雜誌今天發表了與中國呼吸道疾病爆發相關的病毒的基因組序列，該病毒基因組從就職於出現首批患者的海鮮市場的一名病人身上獲得。基因組分析顯示，該病毒與此前在中國蝙蝠體內找到的一組SARS樣冠狀病毒密切相關。
張永振及同事研究了一名41歲的男性海鮮市場工人，其於2019年12月26日在武漢一家醫院住院，表現出呼吸系統疾病症狀，包括發燒、胸悶和咳嗽。聯合使用抗生素、抗病毒藥和糖皮質激素進行治療，但患者表現出呼吸衰竭，治療三天后病情無改善。
Fig。1 | Genome organization of SARS and SARS-like CoVs including Tor2， CoVZC45 and WHCV determined here。
作者對從患者收集的支氣管肺泡灌洗液（肺分泌物）進行了基因組測序。他們鑑定出了一種新型病毒，並發現該病毒基因組與蝙蝠體內發現的SARS樣冠狀病毒有89.1%的核苷酸相似性。儘管從單個患者的分析中不可能得出該冠狀病毒是當前疫情爆發原因的結論，不過作者的這些發現已被針對其他患者的獨立調查研究證實。
該研究得到的序列可在NCBI的SRA數據庫中找到（BioProject登記號為PRJNA603194）。病毒完整基因組已存入GenBank，登記號為MN908947。*