川普提名小羅伯特·F·甘迺迪Robert F. Kennedy Jr.擔任衛生與公共服務部部長。小羅伯特·F·甘迺迪是美國著名的疫苗懷疑論者，也是製藥業批評者。川普決定發布後，疫苗製造商Moderna、 輝瑞公司和Novavax的股價應聲下跌。

川普週四在其「真相社交」平台上發表聲明稱：「所有美國人的安全和健康是任何政府最重要的職責，衛生與公眾服務部將發揮重要作用，幫助確保每個人都免受有害化學物質、污染物、殺蟲劑、藥品和食品添加劑的侵害，正是這些物質導致了這個國家嚴重的健康危機。流行，讓美國再次偉大和健康！

小羅伯特·F·甘迺迪在公共衛生方面持有許多非正統的觀點，最臭名昭著的是質疑疫苗的安全性和有效性，他的相關言論與主流醫學界的指導相矛盾。在新冠疫情期間，他稱這些接種疫苗是“反人類罪”，並將其與納粹大屠殺相提並論。這些言論引起了廣泛譴責，包括他的妻子、女演員謝麗爾·海因斯。他也表示將與川普合作，去除供水系統中的氟化物——顛覆80年來的公共衛生共識。

除了有爭議的觀點之外，甘迺迪的總統競選還遭到了一系列小報醜聞的報道：在紐約中央公園丟棄熊屍體、與擱淺的鯨魚和電鋸有關的冒險行為。

小羅伯特·F·甘迺迪的觀點很可能使他面臨美國參議院嚴厲的任命聽證會，他的言論將受到嚴格審查。如果得到確認，他將對美國公共衛生、藥品、食品和營養產生前所未有的影響，並有可能擾亂相關產業。

小羅伯特·F·甘迺迪出身於顯赫的民主黨家庭，現年70歲的甘迺迪是前參議員羅伯特·F·甘迺迪的兒子，也是前總統約翰·F·甘迺迪的侄子。兩人均在1960年代遭暗殺，川普承諾成立總統暗殺委員會重新審理這些案件。在本屆大選中小羅伯特·F·肯尼迪退出了民主黨，轉而以獨立身份參加總統競選，最後支持了川普。他在全美幫川普競選，出席集會和活動，並幫助他擴大與獨立選民的接觸。

美國媒體評論，選擇小羅伯特·F·甘迺迪擔任政府最高衛生政策職務，標誌著兩位前競爭對手之間達成了政治聯姻。在競選活動的最後幾天，川普表示，他將讓甘迺迪在衛生問題上“放開手腳”，並調整了他的標誌性競選口號，宣稱他將“讓美國再次健康”。

美國的衛生與公眾服務部涉及100多個支持醫學、公共衛生和社會服務的項目，其中包括疾病管制與預防中心、醫療保險和醫療補助服務中心以及食品藥物管理局。衛生與公眾服務部是聯邦應對新冠疫情的最前線，川普第一任期內對疫情的管理招致了尖銳批評，其中包括有人指責他淡化疫情的嚴重性。川普第一任期內的衛生與公眾服務部長包括湯姆·普萊斯Tom Price和亞歷克斯·阿扎Alex Azar，普萊斯因納稅人資助的航空旅行受到批評而辭職，阿扎因2021年1月6日國會山莊遭襲事件與川普分道揚鑣。

在醫療保健方面，川普曾提出尋求替代《平價醫療法案》（俗稱「歐巴馬醫改」）的方案。川普否認想要終止該計劃，但並未具體說明他將如何修改或取代這項法律，他在辯論中表示，他有「計劃的概念」。