他耗資4000萬美元造出新細菌又想創造新生命
諾貝爾獎得主、著名物理學家理查德·費曼曾經說過這麼一句話,“What I cannot create, I do not understand”,意思就是,我不能創造的東西,我就無法理解。這個觀點同樣適用於對生命的理解。
只有當我們能夠去創造生命的時候,才可能真正理解生命的本質,這也是生命科學領域研究一直想要做到的事。
那麼,我們該如何創造生命呢?生命科學領域中的一個基本規則是“中心法則”,即遺傳訊息可以從DNA 複製自身,同時也可以傳遞給RNA,並由RNA傳遞給蛋白質,完成遺傳訊息的轉錄和翻譯過程,這個過程就是創造生命的過程。
因此從理論上來說,只要我們能創造出DNA,就有可能實現人工創造生命,進而深入理解生命的本質。
人類的「人造生命」發展史
人造生命是指從其他生命體中提取基因,建立新的人工染色體,隨後將其轉入已被剔除了遺傳物質的細胞中,最終由這些人工染色體控制這個細胞,發育變成新的生命體。
人造生命的發展歷程雖然較短,卻充滿著創新與突破。 1953 年,華生和克里克提出了著名的DNA 雙螺旋結構模型,從此開啟了分子生物學時代。到了20 世紀70 年代,赫伯特·博耶和斯坦利·科恩分別實現了限制性內切酶對雙鏈DNA 的剪切,以及質粒DNA 到大腸桿菌的轉入,這兩項創新成果標誌著基因工程的誕生。隨後,桑格發明的DNA 定序技術實現了DNA 序列的精確「閱讀」。接著,保羅·伯格和沃爾特·吉爾伯特透過開發分子克隆技術,進一步促進了重組DNA 技術的發展。
這些突破性的技術都為人造生命的研究奠定了重要基礎。
其中,2010 年5 月由美國生物學家克雷格·文特爾團隊的成就標誌著人造生命領域的重大突破。他們在實驗室中透過化學合成了一整個基因組,隨後將這個合成基因組植入到一個空細胞中。這個細胞隨後根據植入的基因指令開始自我複製和增殖,最終形成新的細胞。
儘管有些科學家持有保留意見,認為文特爾的成果只是以一個自然的、先前存在的殘留細胞為基礎的,並沒有創造出真正的生命,但他的實驗仍然證明了人造基因組可以為細胞提供動力,這為未來真正的人造生命提供了重要的啟示。
人造生命的科學狂人:克雷格‧文特
提到人造生命,就不得不提這領域的泰斗、科學狂人──克雷格‧文特。他是美國著名的生物學家和企業家,以在科學界的重大成就而聞名。他的成就包括“一人單挑六國科學家,完成人類基因組計劃”和“製造新生物”,這兩項工作都是震撼全世界科學界的突破。
「科學狂人」克雷格‧文特(圖片來源:克雷格‧文特研究所官網首頁)
1990 年代,由美國、英國、法國、德國、日本和中國等6 個國家的頂尖科學家共同參與人類基因組計劃,預計花費30 億美元來完成人類基因組定序。然而,當時間和花費過半時,他們卻只完成了3% 的定序工作。
同時,克雷格·文特成立了塞萊拉基因公司,一個私營性質的基因研究機構,開發瞭如“霰彈槍”的新型測序技術,並迅速追上了多國合作小組的進度。後來,克雷格·文特與六國科學家合作,於2001 年初成功完成了人類基因組草圖。
在人類基因組計畫完成後,克雷格·文特很快就有了新的理想,這個理想可能是生命科學的終極目標:創造新的生命形式。克雷格·文特計劃利用DNA 小片段,合成新的基因組,並將其轉入已經被剔除了本身基因組的細菌之中,觀察這微小的細菌能否進行新陳代謝和繁殖。
經過研究團隊十幾年不懈的努力,耗資超過4,000 萬美元,克雷格‧文特研究團隊終於在2010 年創造出全新的細菌。克雷格·文特認為,“這是地球上第一個,父母是電腦卻可以進行自我複製的物種。”
目前,克雷格·文特又展開了一系列新的研究,他把自己的遊艇改裝成研究船,帶領團隊成員遠徵百慕達群島附近的馬尾藻海,希望就地取材,繪製出該海域生態系統中所有微生物的基因組圖譜。克雷格·文特的終極目標是利用海洋中尋找到的基因,設計出全新的生命體。這些生命將具備捕獲二氧化碳、遏止溫室效應的能力,還能清理核廢料,並產生大量氫原子。這項全新生命形式的發展將有望改變全球能源經濟的現狀。
克雷格·文特的研究旅程從人類基因組定序,到人工合成細菌,再到從海洋中尋找有益基因以設計全新生命,始終貫穿一個主線:從基因到生命。無論是認識基因、合成基因,或是尋找新基因,克雷格·文特所有研究都是為創造生命繪製藍圖,最終實現人造生命的使命,回答了「科學真的可以創造生命」這一重要命題。
酵母人工染色體合成的突破之路
細菌和酵母分別是原核和真核生物的典型代表,能夠合成這兩者的基因組,就能為合成生命奠定重要的理論基礎,豐富人造生命的知識儲備。作為原核生物的細菌,科學家合成其基因組並創造全新的生命尚且花費了十多年的時間。那麼作為真核生物的酵母,其基因組有16 條染色體,合成的複雜性和難度可想而知。
為此,國際上發起了酵母基因組合成計畫(Sc2.0),這是人類首次嘗試將真核生物的基因組從頭設計合成,旨在重新設計並合成釀酒酵母全部16 條染色體。該計畫於2011 年啟動,由來自中國、美國、英國、新加坡、澳洲等國的超過200 位科學家共同參與。
研究人員在從頭合成酵母基因組序列的過程中面臨了許多挑戰。由於酵母基因組中存在大量重複序列,他們移除了轉座子和重複元件,並重新編碼終止密碼子。同時,研究人員對基因序列進行了鹼基刪除、插入和替換的工作,確保合成菌株與天然菌株的表型相同的同時,也保證了基因組的穩定性。
2017 年《Science》封面展示的酵母基因組結構模型,其中金色代表已經完成全合成的染色體;白色代表天然染色體(圖片來源:《Science》官網)
根據上述原則和標準,2014 年,紐約大學的Jef Boeke 教授領銜的研究團隊成功創造了第一條人工酵母染色體——最小的3 號染色體。這項成果開啟了真核生物基因組合成的先河。
到了2017 年,Sc2.0 團隊完成人工合成酵母基因組16 條染色體中的5 條,其中4 條由中國科學家完成。具體來說,天津大學元英進院士團隊負責了5 號和10 號染色體的合成;清華大學戴俊彪研究員團隊負責12 號染色體的設計合成;華大基因楊煥明院士團隊負責酵母2 號染色體的從頭設計與全合成。
到了2023 年,Sc2.0 計畫迎來新的里程碑式突破,華大基因沈玥研究員團隊完成酵母7 號和13 號染色體的從頭設計與全合成,以及tRNA 新染色體的建構。這標誌著酵母的全部16 條染色體的合成工作已圓滿完成。此外,該團隊還成功建構了一種包含50%合成DNA 的酵母菌株,這種酵母菌株不僅能夠活躍增殖,還展現了正常的細胞形態、長度和形狀。
2023 年《Cell》發表文章描述了酵母染色體的整合過程:將含有不同合成染色體的酵母細胞進行雜交,在後代中尋找攜帶兩條合成染色體的個體,經過漫長的雜交過程,科學家們逐漸將他們先前所有合成的染色體(6 條完整染色體和1 條染色體臂)都整合到同一個細胞(圖片來源:參考文獻[5])
參與酵母基因組合成計畫的中國科學家代表,由左至右依序為:李炳志、戴俊彪、楊煥明、元英進、沈玥(圖片來源:人民日報)
人造細胞再升級:逼近真實活細胞
人工合成細菌和酵母主要解決基因組合成的問題,然而活細胞執行功能主要還是依賴蛋白質。 2024 年4 月23 日,美國科學家在《自然·化學》(Nature Chemistry)雜誌上發表了一項最新研究成果,他們透過操縱DNA 和蛋白質,創造出類似人體細胞的人造細胞,這一成果對再生醫學、藥物傳遞和診斷工具等領域具有重要意義。
細胞支架是細胞內部的重要支架結構,由一系列動態聚合物組成,在細胞分裂、運動和形態形成等關鍵過程中發揮重要作用,沒有細胞支架,細胞的結構和功能都會受影響。天然細胞的細胞支架結構複雜,具有可重構性,能夠在不同位置組裝並動態調節自身的結構和機械性能。肽是一種很有前景的人工細胞骨架建造材料。目前,科學研究工作者廣泛研究了透過合理設計勝肽,使其自組裝成各種結構。然而,能夠在細胞模擬限制環境下實現基於勝肽的系統仍十分有限。
細胞和組織的主要成分是蛋白質,這些蛋白質對細胞支架的形成起著不可或缺的作用。通常來說,DNA 不會出現在細胞支架內,但這項研究中的研究人員對DNA 序列進行重編程,使其成為一種“建築材料”,與蛋白質元件——肽結合在一起,形成能夠改變形狀並對周圍環境作出反應的新型細胞支架,這對人造細胞來說,是一個新的思路。
實際上,對DNA 進行重編程並非首次出現。在2023 年發表於《自然·通訊》的一項研究中,研究人員證明了五個寡核苷酸(DNA)可以退火成奈米管或纖維,其可調整的厚度和長度跨越四個數量級。這些結構被整合到細胞樣囊泡內,並被包裹在囊泡的外部—作為細胞支架發揮作用。 DNA 重編程策略可用於合成細胞和組織的自下而上設計,以及醫學智慧材料設備的生成。
對DNA 重新編程意味著科學家可創造具有特定功能的新細胞,甚至可以微調細胞對外部壓力的反應。雖然活細胞比合成細胞更複雜,但它們也更容易受到如高溫等惡劣環境的影響,而合成細胞即使在50℃ 下都很穩定,這就為在不適合人類生活的環境中製造細胞開闢了可能性。
合成細胞可以裝載幾乎任何藥物分子,透過添加微小的磁性顆粒並使用體外的磁鐵進行精確引導,做到以高劑量靶向小區域而不影響身體的其他部位,例如在癌症治療中,用合成細胞裝載抗癌藥物,可以提高藥物有效性,並顯著減少對其他部位細胞的潛在傷害。
研究團隊表示,這項研究有助於人類理解生命。合成細胞技術不僅讓科學家能夠「複製」大自然的功能,還有望為生物技術和再生醫學等領域帶來重大變革。
利用勝肽-DNA 奈米技術建構合成的細胞支架(圖片來源:參考文獻[6])
結語
人造生命的研究是人類理解生命的重要途徑,目前,科學家已經實現了人工合成細菌、半合成酵母、更像活細胞功能的人工細胞。這不僅推動了生命科學領域的發展,更在不斷創造複雜新生命的同時,也為再生醫學的發展做出重要貢獻。
或許在不久的將來,人類可以人工合成健康的器官組織細胞,取代受損或病變組織,延長人類的健康壽命。這不僅體現了科學與技術的進步,更標誌著我們對生命本質理解的進一步深化。
參考文獻
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[3]Xie et al. “Perfect” designer chromosome V and behavior of a ring derivative. Science, 2017, 355, eaaf4704
[4]Schindler et al. Design, Construction, and Functional Characterization of a tRNA Neochromosome in Yeast. Cell, 2023. DOI: 10.1016/j.cell.2023.10.015
[5]Zhao et al. Debugging and consolidating multiple synthetic chromosomes reveals combinatorial genetic interactions. Cell, 2023, 186: 5220–5236
[6]Daly et al. Designer peptide–DNA cytoskeletons regulate the function of synthetic cells. Nature Chemistry, 2024.