日本衛生官員表示，將與其他相關部門聯手，盡最大努力解決目前的事件，並要求小林製藥根據需要配合調查。根據央視報道，台灣地區食品藥物管理部門通報，截至3月31日13時，共接6起與小林製藥紅麴產品相關病例。日本厚生勞動省表示，了解海外出現的病例，但拒絕對這些病例發表進一步評論。週六和週日，日本厚生勞動省連續搜查了小林製藥兩家工廠，分別位於大阪市以及和歌山縣。小林製藥3月29日向日本厚生勞動省出具報告稱，其紅曲產品中導致問題的成分可能為一種叫“青黴酸”的物質，這是在去年4月至10月該公司大阪工廠生產的紅曲補充劑中檢測到的。

據介紹，位於大阪淀川區的工廠因設施老化於12月關閉，並將生產轉移至和歌山縣北部的紀之川市工廠。小林製藥公司投資者關係負責人富山裕子（Yuko Tomiyama）週日在日本公共廣播公司（NHK）播放的視頻中對記者表示：“我們將全力配合調查，以便儘早解決問題。”自3月22日小林製藥宣布對紅麴補充劑相關產品進行召回以來，亞洲多地衛生部門發出警告。先前中國台灣已經通報了一例疑似服用小林製藥紅麴膠囊兩個月後急性腎衰竭病例。據悉，中國台灣有若干企業輸入小林製藥的紅麴原料，製成紅麴膠囊販售。目前，當地食品藥品管理部門已預防性下架226種相關產品。韓國食品藥品安全部也已公佈了小林製藥等公司生產的含有紅麴成分的182種日本召回產品清單，要求消費者不要在網路上購買這些產品。上週五，中國消費者協會敦促消費者停止使用可能受影響的產品，並積極配合召回。小林製藥方面先前表示，正在研究最新的事件對公司獲利的影響。而考慮到食品保健品複雜的供應鏈環節，「紅曲召回風波」對產業的整體影響目前尚難以評估。紅麴的主要成分為紅麴菌，這是一種可以用作食用色素的紅色黴菌。有數據顯示，小林製藥向52家公司批發銷售紅麴原料，目前這些公司已進行自願檢查，它們將這些原料再出售給其他173家生產企業。業內預計，最終受影響的食品製造商數量可能達到約1800家。此前，日本政府批評小林製藥花了兩個月的時間才揭露其產品對健康的影響。對此，小林製藥公司高層已多次鞠躬道歉，並稱之所以延遲公開談論這些問題，是因為很難確定問題的原因。對此，一位食品檢測設備提供商技術負責人認為，小林製藥公司延遲公開披露相關信息，可能是為了避免公眾恐慌，但它仍然應該在收到醫院病例報告的第一時間向衛生監管部門報告，從而讓監管機構能夠儘早協助公司啟動調查。