它們在臨床症狀上難以區分，需要靠病原學分型檢測，如核酸檢測、抗原檢測。

得了甲流後產生的免疫反應，對乙流無法提供有效的免疫保護，即使本次流行季得過甲流，也有可能會再次感染乙流病毒。因此，建議高風險族群儘早接種流感疫苗。那麼，乙流和甲流有什麼差別呢？國家衛健委指出，乙流與甲流後並不能對乙流產生完全的交叉免疫。感染甲流或乙流後，如果患者體質相對較弱，依然有可能感染另一種亞型的流感病毒。乙流患者多突然發病，常有發燒(體溫可達39°C~40°C)頭痛、肌肉酸痛、全身無力等全身症狀，而咽乾、喉嚨痛、乾咳等呼吸道症狀相對較輕微。兒童罹患B型流感時，噁心、嘔吐、腹瀉等消化道症狀較成人多見。乙流由病毒引致，平常用的青黴素、頭抱等抗生素是針對細菌的藥，對乙流是沒用的，所以不建議大家一發燒就擅自使用抗生素。流感疫苗可以同時預防甲流和乙流，接種過的族群相繼患甲乙流的機率較小。