日本當局公佈了東京羽田機場致命空難前一刻空中交通管制對話的完整記錄。記錄顯示了機場控制塔與兩架飛機（一架是日本航空公司JAL的客機，另一架是較小的海岸警衛隊飛機）之間的通訊。塔台記錄顯示，日航客機獲準降落，而海岸防衛隊飛機則被告知應在跑道旁的停機位中等待。

根據日本運輸省發布的文字記錄，海岸防衛隊飛機似乎在相撞前向空中交通管制部門確認了在跑道旁停靠的命令。

然而，海岸防衛隊的一名官員卻說，這架較小飛機的機長是飛機上6 人中唯一倖存的人，他說他是在得到許可後進入跑道的。

根據日本國家廣播公司（NHK）報道，日本航空公司客機上的飛行員最初並不知道飛機在相撞後起火–儘管照片顯示飛機被大火吞噬。

據該廣播公司引述日本航空公司的話報道，乘務長通知駕駛艙飛機正在燃燒。根據大多數航空公司的規定，在某些情況下，如發生嚴重火災，機艙乘務員有權下達撤離命令。

本週二，從北部北海道飛來的日航516 航班突然起火，機上所有379 人都設法逃離了飛機。而與這架A350大型寬體客機相撞的這架龐巴迪Dash-8 渦輪螺旋槳海岸警衛隊飛機上有五人死亡，從飛機殘骸中逃生的飛行員受了重傷。

當局目前正在調查到底發生了什麼，包括兩架飛機是如何出現在同一條跑道上的。

根據美國監管機構發布的公告副本，調查人員可能會關注的一件事是事故發生前向飛行員發出的一份通知，該通知顯示，作為防止錯誤轉彎的額外安全措施，嵌在停機坪上的一條紅綠燈帶已經失效。

根據當地媒體通報，東京警方也在單獨調查是否有專業疏失可能導致撞機。

前日航飛行員、航空分析師小林弘之（Hiroyuki Kobayashi）說：”很有可能是人為失誤。飛機事故很少是由於單一問題造成的，所以我認為這次也有兩三個問題導致了事故的發生。 “