科學家將癌細胞變成邏輯門以揭開其運動的秘密
癌細胞在體內遷移有多種原因;一些細胞只是跟隨液體的流動,而另一些則是主動跟隨特定的化學軌跡。那麼,如何確定哪些細胞在移動,為什麼?普渡大學的研究人員逆向設計了一個細胞信號處理系統,並像邏輯門–一個簡單的計算機一樣使用它,以更好地了解是什麼導致特定細胞遷移。
多年來,機械工程教授Bumsoo Han和他的研究小組一直在研究癌細胞。他建立了微流體結構來模擬它們的生物環境;他甚至用這些結構建立了一個”時間機器”來逆轉胰腺癌細胞的生長。
“在我們的實驗中,我們一直在觀察和研究這些癌細胞如何遷移,因為這是癌症轉移的一個重要方面,”Han團隊的博士後研究人員Hye-ran Moon說。”但這是不同的。我們正試圖解決這些行為背後的基本機制。而這是非常具有挑戰性的,因為細胞是非常複雜的分子系統,而且它們會接觸到導致它們移動的多種線索。”
這些線索之一涉及化學線索,許多細胞天生就被吸引(很像螞蟻追尋氣味線索)。另一個是液體流動;如果液體在細胞周圍朝某個方向流動,許多細胞就會順勢而行。因此,如果一個細胞在移動,怎麼能知道它是由化學物質、液體運動或兩者共同驅動的呢?
該團隊採用了一個三元邏輯門模型來分析這些線索,並預測細胞在不同環境下會如何移動。他們的研究已經發表在《芯片實驗室》(Lab on a Chip)上,這是英國皇家化學學會的一份期刊。
他們的實驗是在一個微流控平台上進行的,該平台有一個中心室供細胞使用,還有兩個側面平台。使用這個設備,他們可以復制一個方向的液體流動,也可以復制相反方向的流動,或者根本不流動。他們還可以引入一種已知的化學物質,使細胞遷移。同樣,他們可以選擇朝一個方向、相反的方向或完全沒有方向的趨化作用。這兩種線索會相輔相成,還是相互抵消?有了兩個線索和三個選擇,就有足夠的可觀察數據來建立一個三元邏輯門模型。
邏輯門是一種來自計算的構造,晶體管接受1或0的輸入並返回1或0的輸出。二元邏輯門接受兩個1和0的組合,並根據它是哪種門而輸出不同的結果。三元邏輯門做同樣的事情,只是有三個可能的輸入和輸出。1、0和-1。
穆恩對細胞在兩種不同刺激下的移動方向進行了賦值。如果細胞在流動的方向上移動,那就是1。如果它們沒有方向性,那就是0。如果它們朝與流動相反的方向移動,那就是-1。
當細胞單獨遇到化學品或液體流動時,它們向正方向移動(”1″)。當兩者在同一方向出現時,其影響是相加的(仍然是”1″)。然而,當兩者的流動方向相反時,細胞向化學品的方向移動(”-1″),而不是向液體流動的方向移動。
基於這些觀察,穆恩推斷出一個3×3的網格來簡化結果。這些癌細胞的線索現在可以被繪製成圖表,就像電氣工程師繪製電路圖一樣。
當然,現實世界從來沒有那麼簡單。”Moon說:”實際上,化學刺激是一個梯度,而不是一個開關。細胞只有在引入一定的流量閾值後才會移動;如果你引入太多,細胞就會短路,根本不會移動。我們能夠預測這種運動的準確性是一種非線性關係。”
穆恩還強調,這個特定的實驗非常簡單:兩個刺激,方向嚴格相反,在一個單一維度上。下一步將是建立一個類似的實驗,但在一個二維平面中;然後在一個三維體積中建立另一個。而這只是開始;一旦施加了多個刺激,並將時間作為第四維的因素,計算就會變得非常複雜。”現在你明白為什么生物學家需要使用超級計算機了!”穆恩說。
“這是一個完美的例子,說明微流控設備可以用於癌症研究,”穆恩說。”在生物環境中做這個實驗將是非常困難的。但是有了這些設備,我們可以直接深入到單個細胞,在受控環境中研究它們的行為。”
“這個模型可以適用於遠遠超過物理上的癌細胞,任何細胞都會受到不同線索的影響,這為研究人員提供了一個框架,以研究這些影響並確定它們發生的原因。遺傳工程師也接受了邏輯門模型,將基因視為能產生不同結果的處理器。”