17日，國際奧委會主席巴赫在東京召開的新聞發布會上透露，7月1日至16日，有約15000名與奧運相關的日本境外人士入境並接受了新冠病毒檢測，其中陽性病例15例，比例約為0.1%。“這是一個相當低的比例。”巴赫說，“並且這些人立刻就會被隔離，不會對其他奧運參與者以及日本民眾構成威脅。”

在當日進行的另一場發布會中，東京奧組委首席執行官武藤敏郎表示，在當前的全球疫情形勢下，陽性病例的檢出無法避免，“但重要的是如何去應對”。

今年2月至6月間，東京奧組委、國際奧委會和國際殘奧委會先後聯合發布了三版《防疫手冊》。目前使用的版本中，所有外國（地區）奧運代表團和其他奧運相關團隊，應在入境日本前的四天內進行兩次新冠病毒檢測；抵達日本後，需每天測量體溫，代表團運動員和官員需每天接受檢測，核酸結果呈陽性者需被立刻隔離。

東京自12日起第四次進入緊急狀態，16日新增新冠確診病例1271例，連續3天單日新增確診病例超1000例。出於防疫考慮，東京地區、北海道和福島縣的所有比賽將空場舉行。目前，允許觀眾現場觀看的比賽只剩下自行車和足球兩個項目的三塊場地。