記者29日從四川農業大學獲悉，四川農業大學國家重點實驗室、水稻研究所李仕貴與欽鵬教授團隊聯合中科院遺傳與發育生物學研究所梁承志研究員團隊分析揭示了水稻基因組中的“隱藏”變異。

這一研究成果以《基於33個水稻遺傳多樣性材料的泛基因組分析揭示“隱藏”的基因組變異》為題，於北京時間28日深夜由國際著名學術期刊《細胞》(Cell)在線發表。

四川農業大學和中科院團隊選取了具有高度代表性的33個水稻材料，採用最新的第三代基因測序技術，對其中31份材料進行了長片段測序、高質量基因組組裝及基因註釋。結合已報導的日本晴和蜀恢498兩個材料的參考基因組，經過系統的比較分析，共鑑定到171072個基因結構性變異和22549個基因拷貝數變異。

這些基因組變異無法利用傳統手段鑑定到，絕大多數在先前研究中均未被發現，但在重要農藝性狀調控中發揮重要作用。如著名優質稻品種“越光”中一個早熟位點(qDTH7-3)，很可能就是由OsMADS18基因在“越光”產生兩個拷貝，導致基因表達量升高從而表現早熟表型。

此次研究過程中，中國科研人員還首次構建了水稻圖形基因組，是水稻中迄今最為完整的基於圖形結構的泛基因組。為了方便廣大研究人員使用相關數據，他們還搭建了網站，便於使用基因組序列和查詢遺傳變異等內容，促進水稻功能基因組學和育種應用研究。

李仕貴表示，此研究打開了結構變異研究的大門，將有助於加速水稻功能基因組學和分子設計育種研究，為選育高產優質、綠色安全水稻新品種提供基礎支撐。接下來團隊將把研究成果運用到應用基礎研究和育種工作中，力爭培育出更多產量高、品質好、抗性強的水稻品種。