斯坦福大學的新算法比較不同物種的細胞以尋找相似之處
來自斯坦福大學的一個生物工程師小組開發了一種具有獨特和專門功能的新算法。該算法被設計用來比較不同物種的細胞。無論哪個物種,該算法都能識別相似的細胞類型,並可用於包括魚、小鼠、扁形蟲和海綿等進化了數百萬年的生物。
新算法的目標是幫助科學家填補人類對進化的理解上的空白。比較不同物種的細胞有助於生物學家了解細胞類型是如何產生的,以及它們如何適應不同種類生命的功能。進化生物學家近年來一直試圖利用技術,使其有可能對整個生物體的所有細胞進行排序和識別。
科學家們正在尋求對各種生物體中的所有類型的細胞進行分類。斯坦福大學生物工程副教授王波和他的團隊開發了這種算法,將類似的細胞類型跨越進化的距離聯繫起來。在研究中,該團隊使用7個不同的物種來比較21個配對,並能夠確定所有物種中存在的細胞類型以及它們的相似性和差異。
該項目的首席研究員是Alexander Tarashansky,他說該算法的想法來自王教授,當時他被要求分析實驗室正在研究的兩種不同蠕蟲的細胞類型數據集。Tarashansky說他被這兩種蠕蟲之間的差異”震驚了”,雖然團隊認為它們應該是相似的細胞類型,但用於研究它們的標準技術並不能識別它們是相似的。
這個問題導致了一個算法的開發,以更好地匹配不同物種的細胞類型。新的算法不是尋找一對一的基因匹配,這是以前數據匹配的工作方式,而是可以將海綿中的一個基因與所有潛在的相應人類基因相匹配,並確定正確的基因。新算法將使研究人員能夠收集各種物種的數據進行分析。隨著時間的推移,生物學家識別不同生物體內細胞類型的軌蹟的能力將得到提高。