據知情人士稱，梅琳達-蓋茨曾對比爾-蓋茨與性奴醜聞主角杰弗裡-愛潑斯坦的交往深感不安。2013年，在比爾·蓋茨和梅琳達·蓋茨夫婦與愛潑斯坦會面後，梅琳達就對丈夫和這位前金融大亨的關係感到不安。

有消息稱，比爾-蓋茨和愛潑斯坦的友誼“一直困擾著”梅琳達。在2011年比爾-蓋茨開始和愛潑斯坦交往時，愛潑斯坦已經對法庭承認曾在2008年引誘一位未成年女孩。

2013年9月，蓋茨夫婦在愛潑斯坦位於紐約上東區的豪宅里與他見面。消息人士稱，見面後不久，梅林達告訴朋友們她在見面時感到不適。據幾位與蓋茨夫婦關係密切的人士稱，梅琳達對丈夫與愛潑斯坦的關係感到“憤怒”。

2019年7月，愛潑斯坦被控多項與性販運未成年女性有關的罪名。2019年8月，愛潑斯坦在紐約大都會懲教中心接受預審時自殺身亡。同年底，比爾-蓋茨與愛普斯坦的關係被首次曝光。

當時的報導稱，蓋茨和愛潑斯坦在2011年至2013年期間多次會面。2013年，蓋茨曾乘坐愛潑斯坦的私人飛機從新澤西州前往佛羅里達州棕櫚灘，儘管蓋茨此前在一次採訪中否認自己曾與愛潑斯坦一起旅行。