根據2021年4月1日發表在《科學報告》（Scientific Reports）上的加州大學戴維斯分校獸醫學院的新研究，對數千份SARS-CoV-2樣本的基因組測序顯示，COVID-19病例的激增是由新的冠狀病毒變異體出現所驅動的。

加州大學戴維斯分校獸醫學院人口健康和生殖學教授Bart Weimer表示，隨著變異體的出現，就會有新的爆發，經典流行病學與基因組學的合併提供了一個公共衛生當局可以用來預測流行病進程的工具，無論是冠狀病毒、流感還是一些新的病原體。

雖然SARS-CoV-2只有15個基因，但它卻在不斷變異。這些變化大多差別不大，但有時病毒會或多或少地變得具有傳染性。Weimer和研究生DJ Darwin R. Bandoy最初分析了150個SARS-CoV-2菌株的基因組，這些菌株大多來自2020年3月1日前在亞洲爆發的疫情，以及這些疫情的流行病學和傳播信息。他們將疫情按階段劃分為：指數型（未爆發）、起飛型、指數型增長和衰退型。病毒傳播的難易程度由R值或繁殖數設定，其中R是每個感染者造成的新感染平均數。

他們將所有這些信息綜合成一個指標，稱為GENI，代表病原體基因組的身份。將GENI分數與流行病的階段進行比較，結果顯示，遺傳變異的增加緊接在病例指數增長之前，然而，在新加坡，變異的爆發與較小的疫情有關，公共衛生當局能夠迅速控制疫情。

Weimer和Bandoy研究了收集到的和2020年2月至4月在英國的2萬個SARS-CoV-2病毒序列，並與病例數據進行了比較。他們發現，GENI變異得分隨著病例數的增加而穩步上升。當英國政府在3月下旬實施全國封鎖時，新病例數量趨於穩定，但GENI得分繼續上升。這表明，在病毒快速進化的情況下，禁止聚會、口罩任務和社會疏遠等措施能有效控制疾病的傳播。

這也可以幫助解釋”超級傳播者”事件，當大量的人在一次事件中被感染，而預防措施卻被放鬆。Weimer說，他希望公共衛生當局能夠採取測量病毒變異並將其與當地傳播率R聯繫起來的方法。通過這種方式，當一個新的爆發即將到來，你可以得到一個非常早期的警告。