科學家從1966年保存的組織樣本中發現了已知最古老的近乎完整的HIV基因組。樣本來自剛果民主共和國，而之前已知最古老的HIV基因組來自1976年從剛果提取的血樣。古老的基因序列有助於確定病毒基因突變的時間，幫助科學家跟踪病毒的傳播，確定其傳播到人類的時間。

根據病毒樣本的基因序列，HIV 病毒最早是在1900 年代初的某個時間從黑猩猩傳播到中非的人類。病毒有多種菌株，其中HIV-1 的M 組病毒占到了95%。