蟒蛇有著極端的新陳代謝系統。如果一條蟒蛇吞食了四分之一體重的食物，它的代謝速率會增加到1000%。如果它吞食了相當於其整個體重的食物，代謝速率會飆升到4400%。相比之下，馬在全速奔跑時代謝速率能達到3500%，但馬可能只能持續數分鐘，而蟒蛇能持續兩週。

蟒蛇大幅提高代謝率主要是為了製造胃酸。人類一天中會向胃裡加入幾次酸以處理食物。而蟒蛇在空腹的情況下胃裡沒有一點酸，其PH 值和水相同。

當蟒蛇在吞食食物數小時內，它會製造大量的酸去分解獵物，這些酸會在胃裡停留數天。與此同時，蛇內腸會經歷一個顯著的生長。蛇內腸細胞有著指狀突起去吸收糖分和其它營養物質。它的指狀突起會伸展五倍長。一條蟒蛇的小腸一夜之間其重量會增長三倍，消化道之後能夠處理大量湧入的食物。當食物通過血液循環，蛇的其它器官也會增長以對其進行處理，它的肝臟和腎臟重量會增加一倍，心臟增加40%。食物消化掉後器官就會恢復原始大小。

研究人員對蟒蛇基因活性的跟踪發現，在吞食獵物12 小時內，它會激活不同部分的大量基因。部分基因參與了生長，部分基因對應力做出反應和修復受損DNA。科學家此前從未在其它動物身上觀察到此類奇特的組合。科學家承認要真正理解蛇如何消化食物還有很多工作要做。