日前有網絡質疑鐘南山在接受采訪時為商業企業打廣告，包括連花清瘟膠囊、安慕希等。對此，鐘南山院士做了澄清，否認為企業代言。“類似傳聞太多了，所以我不會去管它，也根本不在乎。”在回應記者的採訪中，鐘南山院士表示，“ 我從來沒有給任何企業和產品代言，我怎麼會做那些東西？搞那個和我的業務有什麼關係呢？謝謝你告訴我這些消息。”

涉及的傳聞中，除了牛奶企業之外，還有連花清瘟膠囊這個備受爭議的藥物，特別是在治療新冠病毒的過程中。

5月4日，中國工程院院士鐘南山今晚與海外留學生代表連線，向他們解答疫情相關的問題。在談到重要連花清瘟膠囊的效果時，鐘南山表示連花清瘟膠囊對病毒抑製作用很弱，但對病毒引起的細胞損傷、炎症有很好的修復作用。

在具體作用上，鐘南山表示連花清瘟膠囊有多個改善，第一能夠使症狀改善，比如全身不適，改善比對照組早兩天。CT片子上看恢復也顯著比對照組快。使用連花清瘟後發熱時間縮短。