新冠病毒到底突變了沒有？這個問題之前引發了學術爭議。3月26日晚，中國科學院副秘書長、中國科學院院士周琪表示，新冠病毒在中國依然沒有發生重大突變，這跟國外的情況不太一樣。

生命時報報導稱，周琪院士表示病毒需要存活下來，所以變異是病毒發展過程中必然發生的事情，到現在全球已經有很多文章在描述病毒發生變異的情況。

周琪院士稱，從中國的情況來看，病毒變異發生得併不顯著。我們從1月11日發現病毒，測了全序列之後，到今天依然沒有發現有重大的突變發生，跟國際上其他國家發現的情況是不太一樣的。

3月3日，中國科學院主辦的《國家科學評論》(National Science Review)發表論文《關於SARS-CoV-2的起源和持續進化》指出，通過對目前為止最大規模的103個新冠病毒全基因組分子進化分析，發現新冠病毒已經在近期產生了149個突變點，並演化出了兩個亞型，101個都屬於這兩種亞型。

不過3月12日，論文通訊作者陸劍研究員、崔傑研究員發表了補充性聲明，稱原論文中的用詞“侵略性”具有誤導性，應該用更精確的術語“更高的頻率”代替，將在論文印刷版本中進行更正。