長三角三省一市（上海、江蘇、浙江、安徽）視頻會議提出建立長三角健康碼互認通用機制。目前，上海率先宣布江蘇、浙江、安徽三省的健康碼效力與上海“隨申碼”等同；安徽和浙江率先簽約健康碼互認機制，與上海的技術對接也正在進行。

由於健康碼系統建設以城市為單位，所以每個省份甚至地市都有自己的健康碼，例如蘇州“蘇城通”、南京“寧歸來”、安徽“安康碼”、上海“隨申碼” 、浙江健康碼等。外來返工、跨區域通勤人員在不同的城市間出行時，都分別需要經過認證、領取等流程。

長三角三省一市的健康碼系統都是基於支付寶、阿里雲技術和平台，所以互認的技術難度較低，進展很快。而騰訊版健康碼則在雲南、貴州、廣州、上海、天津、深圳、重慶、武漢等城市上線。支付寶數據顯示，有超過200個城市使用健康碼作為電子通行憑證，而騰訊稱超過100個城市計劃上線騰訊版防疫健康碼。

為解決跨地區健康碼互認問題，在國務院辦公廳電子政務辦的指導下，全國一體化政務服務平台研發出全國統一的疫情防控健康碼系統，2月29日已經上線。而《全國一體化政務服務平台防疫健康信息碼接口標準》也已經制定，全國版健康碼也會再跟各地健康碼對接。各地根據疫情防控工作需要自行架設健康碼系統，並逐步實現各地區健康信息碼互信互認。

阿里巴巴CEO張勇建議，疫情之後健康碼可以承載更多功能，繼續發揮長效機制，“戰時防疫、戰後治理”，成為示範區推進數字化建設的抓手。