疫情爆發中國科學家展開了一場緊張的學術接力
一場與新型冠狀病毒的戰役已經展開,全國上下一時間談“毒”色變,紛紛“宅”在家中。在這場沒有硝煙的戰役中,很多人可能對來自全國各地的醫護人員紛紛馳援武漢當地醫院,醫療物資從全國乃至全球各地送往武漢及湖北省其他地區印象深刻。另一方面,科學家也奮斗在一線的抗擊疫情中。在疫情早期,科學家就介入了對新型冠狀病毒的研究。
當前,國內外學者正在進行一場緊張的學術接力:從病毒基因組序列到病毒來源的鑑定,再到病患的臨床特徵、病毒傳播規律的分析,各個領域均有研究組投身其中。
撰文| 葉水送
責編| 陳曉雪
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在疫情早期,
國內學者已介入病毒的研究
初識復旦大學病毒學家姜世勃還是2015年5月,當時中東地區和韓國正遭受MERS病毒侵襲。我們談話剛進行一半時,姜世勃教授被響起的電話鈴聲打斷,電話的另一頭是國家衛生部門的相關專家,向他了解MERS病毒特徵及藥物開發。
復旦大學病原微生物研究所所長、病毒學家姜世勃
2020年1月中旬,武漢發生的不明原因肺炎爆發,於是我們自然而然地又想起了他。1月18日,當全國大部分人還不知新型冠狀病毒(2019-nCoV)是何物時,《知識分子》就這一病毒聯繫姜世勃,他的第一句話就是,“對不起啊,我現在特別忙,只能簡單回答一下。”
在此次疫情的早期階段,姜世勃就判斷出該病毒的全基因序列與SARS冠狀病毒有一些差異,但其S蛋白HR1區(融合抑製劑的靶點區)和HR2區(融合抑製劑的衍生區)非常相似。疫情發生後,其博士後也主動要求放棄休假,啟動使用多肽抑制新型冠狀病毒的研究。
在疫情早期就開始相關研究的學者還有很多。新型冠狀病毒因何源起,又因何而來?國內學術界展開了一場緊張的學術接力。
2019年12月8日,武漢市出現不明肺炎病症患者。12月26日,上海病毒學家拿到患者樣本,對病毒開始檢測。
2020年1月1日,華南海鮮批發市場關閉。同日,中國疾控中心病毒病所選派專家組赴武漢參加疫情防控,前往華南海鮮市場,“針對病例相關商戶及相關街區集中採集環境樣本”,後發現採集的樣品中含有新型冠狀病毒核酸,並成功分離出病毒,由此為病毒的溯源以及疫情判斷提供了有價值的線索。
雖然此後武漢市衛健委表示,“根據國家、省市專家的流行病學調查,這次武漢不明原因的病毒性肺炎病例發病全部在2019年12月8日到2020年1月2日之間。自2020年1月3日以後,臨床和流行病學調查顯示,沒有發現新感染髮病的病人”,但學術界對新型冠狀病毒的研究並沒有止步。
張永振領導的協作團隊率先完成新型冠狀病毒基因組工作
1月10日,復旦大學生物醫學研究院張永振領導的協作團隊完成了武漢新型冠狀病毒基因組的工作,並將該病毒序列在virological.org 網站公佈。雖然張永振未通過此病毒序列發表論文,但此舉為後續新型冠狀病毒的溯源以及鑑定是至關重要的一步。
1月12日,中國與世衛組織分享新型冠狀病毒全基因組序列。同時,中國將序列提交給GISAID平台,以便公共衛生機構、實驗室和研究人員能夠訪問。
1月17日,南開大學生命科學學院高山等學者在《生物信息學》雜誌發表文章“武漢2019 冠狀病毒基因組的生物信息學分析”,稱溯源分析的結果支持武漢2019冠狀病毒源自中華菊頭蝠,並推斷該病毒可能是冠狀病毒的一個新變種,且變異快、宿主多,具有較強的宿主適應性。
1月18日,《知識分子》連線復旦大學學者姜世勃時,他對病毒的來源進行了初步判斷,引起了較大關注。“這個病毒的受體結合位點與SARS病毒的受體結合位點很相似,可能是它進入新的宿主(可能是某一種野生動物)後,其受體結合位點發生突變,從而可以像SARS病毒一樣感染人類。”
1月21日,中國科學院上海巴斯德研究所郝沛研究員、軍事醫學研究院鍾武研究員以及中科院分子植物卓越中心李軒研究員在《中國科學:生命科學》英文版刊登了關於新型冠狀病毒進化來源的最新研究進展。研究者發現,“新型冠狀病毒與SARS病毒和MERS病毒的基因序列平均分別有~70%和~40%的序列相似性,但它們與宿主細胞作用的關鍵spike基因(編碼S蛋白)差異較大”,新型冠狀病毒屬於Beta冠狀病毒屬。
石正麗有“蝙蝠女俠”之稱
1月23日,中國科學院武漢病毒研究所石正麗團隊發表了一項備受關注的研究,將新型冠狀病毒的來源指向了蝙蝠。在學術圈裡,石正麗被稱為“蝙蝠女俠”。該研究報導了武漢出現的一種新型冠狀病毒,並發現該病毒與SARS-CoV(非典)有79.5%的序列相似性,而與蝙蝠冠狀病毒的同源性則高為96%,因此她推測新型冠狀病毒可能來源於蝙蝠。
新型冠狀病毒與SARS-CoV(非典)共有高度相似的序列
雖然這項研究發表在未經同行評議的bioRxiv 預印本上,但是引起了極大的關注,為新型冠狀病毒的溯源打下了基礎。
電鏡下新型冠狀病毒的結構特徵
1月24日,中國疾病預防控制中心病毒病預防控制所成功分離第一株從臨床樣本中分離的病毒毒種信息及其電鏡照片。1月27日,中國疾病預防控制中心病毒病預防控制所發布從環境樣本中分離的第一株新型冠狀病毒中英文名稱、編號(NPRC 2020.00002)等信息。
《科學》雜誌撰文質疑病毒起源地不止一處
當然,有關新型冠狀病毒的溯源並非一帆風順,存在諸多爭議。如1月27日,《科學》雜誌撰文,稱武漢華南海鮮市場並非新型冠狀病毒的唯一起源地。
另外,新型冠狀病毒來源於蝙蝠,但有無中間宿主,以及中間宿主是誰,也存在爭議。1月22日,北京大學、廣西中醫藥大學等單位在《醫學病毒學雜誌》上發文稱,新型冠狀病毒的密碼子使用偏好與蛇類似,因此蛇是最有可能攜帶新型冠狀病毒的動物。該推測遭到了學術界的質疑,英國病毒學家認為,“沒有證據表明蛇可以被這種新的冠狀病毒感染並作為宿主,除了哺乳動物和鳥類以外,不存在一致的證據證明其他宿主中存在Beta冠狀病毒。”
除此之外,發表在《中國科學:生命科學》英文版上發表的論文引用新型冠狀病毒序列數據時,在未經上傳者同意授權前使用,遭到了業內資深學者的批評,後相關學者不得不對論文予以修改更正。另外,高山團隊的論文也在沒有與張永振團隊溝通的情況下使用了共享數據發表論文,由此引發了復旦大學、南開大學之間的口水戰。
國內病毒學領域一位資深學者表示,“Genbank上公開的序列是開放的,但釆用Gisaid上序列數據必須經上傳者同意授權,其核心原則是你一旦註冊,就意味自己接受其約束條件。 ”
此次科學家反應速度極快,對新型冠狀病毒的研究也較為深入,但至今新型冠狀病毒如何感染人類的謎底仍有待揭曉。眼下更為重要的,是公佈新型冠狀病毒的流行病學特徵以及患者的臨床數據,以期及早地控制疫情,找到治病的良方。
判斷疫情、公佈流行病學以及臨床數據
鐘南山在從廣州趕往武漢的火車上,圖片由蘇越明拍攝
在以鐘南山為首的專家組公佈新型冠狀病毒存在人傳人的現象之前,國內大部分居民仍沉浸在迎接春節的喜慶中,奔走在回家的路上。數十億人次的春運大遷徙,大年初二前僅離漢人員就有500多萬,他們分散在全國各地,回家與自己的親人相聚。
1月18日,以鐘南山院士為組長的國家衛健委高級別專家組奔赴武漢,他們前往武漢金銀潭醫院和武漢疾控中心了解情況。1月20日,鐘南山的一席話讓全國人民對新型冠狀病毒重視起來。
“根據目前的資料,新型冠狀病毒肺炎是肯定的人傳人。”鐘南山當天在接受央視新聞訪談時表示。
僅僅幾天之後,新型冠狀病毒疫情表現兇猛,其嚴重程度超出了很多人的預料。不僅武漢地區遭受影響,受春運大遷徙影響的全國各地也陸續發現病例。
此後,有關新型冠狀病毒疫情的流行病學、臨床數據以及評論,也陸續在國際四大醫學期刊《新英格蘭醫學期刊》、《柳葉刀》、《美國醫學會期刊》以及《英國醫學期刊》上發表出來。
1月24日,中國疾病預防控制中心病毒病預防控制所病毒病應急技術中心主任譚文傑、中國疾病預防控制中心主任高福和中國疾病預防控制中心病毒病預防控制所武桂珍聯合在《新英格蘭醫學雜誌》上發表論文。
研究者介紹,2019年12月,一群不明原因的肺炎患者被發現與中國武漢的海鮮批發市場有關。通過對肺炎患者樣本進行無偏測序,發現了一個以前未知的β冠狀病毒。從人類氣道上皮細胞分離獲得一種命名為2019-nCoV的新型冠狀病毒。論文還對三名患有嚴重肺炎的成年患者的疾病特徵進行了深入分析,並從臨床標本中分離毒株,並得到了2019-nCoV病毒。
此次新型冠狀病毒疫情傳播時間軸
同日,《柳葉刀》及其子刊同時推出“新型冠狀病毒” 專題,分別從臨床症狀、傳播方式(追踪家庭研究)等方面闡述這次新型冠狀病毒的流行特徵。
新病毒的早期感染者在華南海鮮市場暴露及之外的感染病例
武漢市金銀潭醫院胸外科主任醫師黃朝林對最初感染的41個病人的臨床症狀進行了分析和總結,發現41例患者中有27例曾接觸過華南海鮮市場,並指出感染者發病時,常見症狀為發燒,其次為咳嗽、疲勞等。通過對這41例患者進行分析,發現有13例(32%)患者被送入ICU,6例(15%)患者死亡。如此高的病死率出乎很多人的意料,當然這只是一個初步的臨床結果,我們需要有關新型冠狀病毒更多的流行病學細節內容。更令人驚訝的是,前四名感染者中有三人沒有華南海鮮市場暴露史。《科學》雜誌因此撰文,稱武漢華南海鮮市場並非新型冠狀病毒的唯一起源地。
陳福和等學者披露的一個感染家庭的研究案例,圖片來自lancet.com,由志願者漢化
《柳葉刀》另一備受關注的文章則來自香港大學李嘉誠醫學院袁國勇團隊,他們聚焦於一個感染2019-nCoV家庭,發現新型冠狀病毒發病具有家庭集群性,用數據確定了2019-nCoV的人-人傳途徑。“此前,這種新型冠狀病毒在醫院和家庭環境中出現人際傳播(人傳人),且其他國家報告了受感染旅客的病例,我們研究的發現與這些是一致的。” 袁國勇表示。
數種抗病毒試驗藥物正在臨床試驗中
新型冠狀病毒感染人數不斷攀升,當下是否已有針對性的有效藥物?可能我們每個人都在關注這一話題。國內外已有數個研究團隊正在緊張地進行藥物開發,但截止目前沒有一種經過官方證實有效的藥物或疫苗。
1月25日,由中國科學院院士蔣華良、饒子和領銜,成立抗2019-nCoV病毒感染聯合應急攻關團隊,通過對數個數據庫進行篩選,獲得30種可能對2019-nCoV有治療作用的藥物、活性天然產物。該藥物研究仍處於非常早期。
1月26日,上海市公共衛生臨床中心盧洪洲在接受訪談時表示,艾滋病治療藥物洛匹那韋/利托那韋片已用於上海市公共衛生臨床中心的新型肺炎確診病例的治療,“臨床觀察有效果,但這只是一個初步結論,我們還要做更多的觀察。”盧洪洲表示。
1月27日,《知識分子》連線姜世勃,其團隊正在致力於探究EK1多肽是否對新型冠狀病毒患者有效,姜世勃表示,“該多肽可能應用於感染新型冠狀病毒的患者”。
早在上世紀90年代初,姜世勃發現了第一個高效的抗HIV的C多肽,此後在2003年SARS流行期間,研發出抗SARS多肽,2014年和2017年又先後研發出抗MERS多肽以及抗寨卡病毒多肽。
2019年4月,其團隊在《科學-進展》發文宣布成功研發出一個廣譜的抗冠狀病毒多肽–EK1,“該多肽對我們所檢測到所有5個人冠狀病毒(包括SARS-CoV和MERS -CoV)和3個蝙蝠類SARS冠狀病毒都有效(武漢新型冠狀病毒的S-HR2區的氨基酸序列與SARS-CoV和SL-CoV S-HR2區的氨基酸序列完全一致,而與97%的S -HR1區的序列相同),相信EK1多肽應該對武漢新型冠狀病毒同樣有效。” 姜世勃表示。
目前,他們正在檢測EK1多肽對2019-nCoV假病毒和活病毒感染的抑制活性及其對膜融合的抑制效果。“一旦確認有效,我們將把該多肽做成特異性抗冠狀病毒的鼻腔/口腔噴霧劑型,免費提供給高危人群(如醫務人員或病人的家屬),用來預防2019-nCoV的感染”。姜世勃表示。
中國疾病控制預防中心的報告指出,目前證據表明2019 新型冠狀病毒在人群中開始傳染大約1個多月,主要流行區集中在武漢及其周邊地區,“疫情仍處於流行早期”。期待更多的學者能加入這場對抗新型冠狀病毒的戰役中來,疫情早日消退。