一種新的SARS-CoV-2 變異體Pirola (BA.2.86)正在全球範圍內傳播，因其突變率高而引起關注。拉荷亞免疫學研究所的研究人員正在利用免疫表位資料庫預測T 細胞對Pirola 的反應，他們發現現有疫苗和先前接觸過的變異體（如Omicron）仍能提供顯著的保護作用。儘管這些結果很有希望，但它們仍然是預測性的，需要進一步的實驗驗證。

拉荷亞免疫學研究所科學家利用生物資訊學來預測T細胞如何適應對抗高度變異的Pirola變異。今年8 月，研究人員在以色列和丹麥的病人身上檢測到了一種新的SARS-CoV-2″令人擔憂的變體”。從那時起，這種被稱為BA.2.86 或”Pirola”的變種就開始在全球傳播。Pirola 變體之所以引起人們的警惕，是因為它發生了高度變異。事實上，與最初接種的SARS-CoV-2 變異體相比，Pirola 的變異程度不亞於Omicron 變異體。

隨著Pirola 的擴散，拉荷亞免疫學研究所（LJI）的研究人員正在調查COVID-19 疫苗（或以前接觸過的SARS-CoV-2 疫苗）是否仍能保護人們免受嚴重疾病的侵襲。

LJI 教授、生物科學博士Alessandro Sette 說：”人們擔心，變異如此之多的病毒會’逃避’T 細胞免疫。”

現在，《細胞、宿主與微生物》（Cell Host & Microbe）雜誌上的一項新研究表明，T細胞可以看穿Pirola的突變，並鎖定它們的目標。”我們的分析顯示有一個正面的消息，”助理研究教授阿爾巴-格里福尼（Alba Grifoni）博士說，”看來以前接觸過奧米克隆或接種過新型二價疫苗的人可能會被T細胞武裝起來，這些細胞可以’迎頭趕上’，產生對抗Pirola的特異性反應。”

拉荷亞研究所教授、生物科學博士亞歷山德羅-塞特（Alessandro Sette）。圖片來源：拉荷亞免疫學研究所

在這項新研究中，塞特和格里福尼利用了一個名為免疫表位資料庫（IEDB）的資源。該資料庫收錄了世界各地免疫學家收集的寶貴研究成果，描述了免疫細胞如何識別微生物上的片段或”表位”。

借助IEDB 中的大量數據，研究人員已經詳細了解了COVID-19 疫苗或以前接觸過SARS-CoV-2 的T 細胞是如何”訓練”T 細胞靶向SARS-CoV-2 表位的。研究人員提取了這些IEDB 數據，並開發了一個生物資訊管道來預測這些T 細胞將如何對Pirola 變異體做出反應。

Grifoni說：”我們根據先前SARS-CoV-2變體的實驗數據和預測數據模擬了T細胞對Pirola的反應。”

研究人員發現，大多數T 細胞仍能靶向Pirola 上的抗原決定基：

整體而言，CD4+”輔助”T細胞反應識別的片段有72%，CD8+”殺傷”T細胞表位有89%在變異株之間沒有變化，或者說”保持不變”。

研究人員在Pirola 的”Spike”蛋白上發現的保守T 細胞表位較少，這也在意料之中，因為它攜帶了大部分變異。在這種主要結構蛋白上，只有56%的CD4+”輔助”T細胞表位和CD8+”殺傷”T細胞表位是保守的。這是一個潛在的問題，因為目前的COVID-19疫苗在設計上只能讓免疫細胞辨識並鎖定Spike表位。

然而，當研究人員仔細觀察斯派克片段時，他們發現96%的CD4+”輔助”T細胞表位和62%的CD8+”殺傷”T細胞表位非常相似，T細胞仍有可能識別它們。

簡而言之，如果Pirola 想要躲避T 細胞，它做得併不好。

拉荷亞免疫學研究所研究助理阿爾巴-格里福尼（Alba Grifoni）博士資料來源：拉荷亞免疫學研究所

塞特說：”免疫系統識別的許多表位在新的Pirola變體上仍然保持不變。預測這種病毒仍將被T 細胞識別。”

格里福尼補充說：”T細胞也可能’追隨’Pirola新變異的多肽，針對這些表位發起新的反應，就像我們在其他變異體上看到的那樣。我們認為，儘管病毒在進化，但在Pirola病毒感染或其他最新變種的病例中，我們並沒有看到更嚴重的疾病，這可能是原因之一。”

格里福尼強調，這些發現只是預測，而不是基於實際Pirola感染的觀察。儘管如此，她仍然認為，觀察以及預測如何反映在最近的實際研究中非常重要。我們仍然需要實驗驗證，但我們已經在全球範圍內建立了幾個合作機構，它們正在研究這個問題。

塞特補充說，許多人仍然很容易感染SARS-COV-2，即使是Pirola變種。這就是為什麼人們仍然應該接種疫苗，尤其是最新疫苗的原因。

研究人員目前正在收集實驗數據，以進一步了解T細胞對變異體的反應，並進一步加強他們的預測工具以了解接種過二價疫苗和/或”突破性”感染的人究竟是如何對未來的變異株產生T細胞反應的。

參考文獻”亞利桑德羅-塞特（Alessandro Sette）、約翰-西德尼（John Sidney）和阿爾巴-格里福尼（Alba Grifoni）於2023年12月8日發表的《細胞宿主與微生物》（Cell Host & Microbe）雜誌上發表的《預測已有的SARS-2特異性T細胞會交叉識別BA.2.86》。

DOI: 10.1016/j.chom.2023.11.010

編譯來源：ScitechDaily