《科學》雜誌的COVID-19報導得到了Heising-Simons基金會的支持。一個由知名科學家組成的團隊再次證實了其有爭議的假設，即大流行性冠狀病毒的基因位可以整合到我們的染色體上，並在感染結束後長期存在。如果他們是對的，這可以解釋這樣一個罕見的發現，即人們可以從COVID-19中恢復健康，但幾個月後又對SARS-CoV-2檢測呈陽性（复陽）。Jaenisch說：”我們現在有明確的證據表明冠狀病毒的序列可以整合到基因組中。”

領導這項工作的干細胞生物學家Rudolf Jaenisch和麻省理工學院的基因調控專家Richard Young在2020年12月引發了一場Twitter風暴，當時他們的團隊在bioRxiv的預印本中首次提出了這個想法。研究人員強調，病毒整合併不意味著從COVID-19康復的人仍然具有傳染性。但批評者指責他們煽動了毫無根據的對疫苗的恐懼，即基於信使RNA（mRNA）的COVID-19疫苗可能以某種方式改變人類DNA。

引起COVID-19的SARS-CoV-2病毒有由RNA組成的基因，Jaenisch、Young和合著者認為，在罕見的情況下，人類細胞中的一種酶可能將病毒序列複製成DNA，並將其附在我們的染色體之中。這種酶即逆轉錄酶，是由LINE-1元素編碼的，這些序列佔人類基因組的17%，代表了古代逆​​轉錄病毒感染的遺跡。在他們的原始預印本中，研究人員提出了試管證據，即當添加了額外的LINE-1元素的人類細胞被冠狀病毒感染時，SARS-CoV-2的DNA版本序列會依附於細胞的染色體。

許多專門研究LINE-1元素和其他”逆轉錄基因”的研究人員認為這些數據太過單薄，無法支持這一說法。康奈爾大學研究人類基因組中內源性逆轉錄病毒塊的Cedric Feschotte說：”如果我有這些數據，我當時就不會提交任何出版物。”他和其他人還表示，他們期望像Jaenisch和Young這樣的科學家能做出更高質量的工作。在隨後的兩項研究中，批評者提出了證據，證明所謂的人類和病毒DNA痕蹟的嵌合體正是由該小組用來掃描染色體的技術所產生的。正如一份報告所總結的那樣，人類-病毒序列”更有可能是一種方法學產品，[原文如此]而不是真正的反轉錄、整合和表達的結果”。

在他們的新論文中，Jaenisch、Young及其同事承認，他們使用的技術意外地創造了人類-病毒嵌合體。”我認為這是一個有效的觀點，” Jaenisch補充說，當他們第一次向一家雜誌提交論文時，他們知道它需要更有說服力的數據，他們希望在審查過程中添加這些數據。但是該雜誌和許多雜誌一樣，要求作者立即將所有COVID-19的結果發佈到一個預印本服務器上。”我也許應該說我不會把它放在bioRxiv上。這是個錯誤的判斷，”Jaenisch說。

在新的PNAS論文中，該團隊提供了證據，證明僅靠人工製品不能解釋檢測到的病毒-人類嵌合DNA的水平。科學家們還表明，部分LINE-1元素在整合後的病毒基因序列兩側，進一步支持了他們的假說。他們還與最初的懷疑論者之一、美國國家癌症研究所的Stephen Hughes合作，後者提出了一個實驗，根據整合後的病毒序列相對於人類序列的方向，澄清整合是真實的還是實驗過程中的干擾。新論文的共同作者Hughes說，結果支持原來的假設。”他說：”這種分析已經證明是很重要的。”

“細胞培養中的整合數據比預印本中提出的要有說服力得多，但它仍然不是完全乾淨的，”Feschotte說，他現在稱Jaenisch和Young的假說為”可信的”。但他指出，SARS-CoV-2也可以在一個人體內持續存在幾個月而並不整合在基因裡。

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https://www.pnas.org/content/118/21/e2105968118